Leta 1701 je bila ustanovljena Academia philharmonicorum, eno prvih tovrstnih glasbenih združenj izven Italije. Častni člani Filharmonične družbe, ki jo je nasledila, so bili tudi skladatelji Haydn, Beethoven in Brahms, violinist Paganini, v letih 1881–1882 pa je bil med njenimi dirigenti tudi Gustav Mahler. V 18. stoletju so rasle manufakture, gospodarski pomen Ljubljane pa je ostajal na področju tranzita.

Pod francosko okupacijo (1809–1813) je bilo mesto prestolnica Ilirskih provinc. Eden uradnih jezikov je postala slovenščina, v Ljubljani pa so odprli tudi prvo visoko šolo. Znova pod avstrijsko oblastjo, je leta 1821 Ljubljana gostila kongres Svete alianse, ki se ga je udeležilo več evropskih vladarjev in naj bi zavrl prizadevanja narodov za politične svoboščine in ustavnost. V spomin na ta dogodek je eden osrednjih trgov dobil ime Kongresni trg.

V prvi polovici 19. stoletja je mesto spreminjalo svojo podobo. Med ostalim so uredili nabrežja Ljubljanice ter postavili nove kamnite ali železne mostove. V tistem času je v Ljubljani ustvarjal tudi pesnik France Prešeren. Leta 1849 je z Dunaja pripeljal prvi vlak in osem let pozneje je bila dokončana še povezava s Trstom. Leta 1869 je imelo mesto 22.593 prebivalcev. V 60. letih je bila ustanovljena Slovenska matica. Ljubljana je postajala kulturno središče vseh Slovencev.

Leta 1895 je mesto doživelo katastrofalen potres. Obnovili so ga večinoma avstrijski in češki arhitekti. Nastale so nove ulice in zraslo je veliko zgradb v secesijskem slogu.